，合编为工农革命军第四军（后改编为工农红军第四军，简称红四军），朱德任军长，毛泽东任党代表。11月，中共红四军前敌委员会成立，毛泽东任书记。红军建设的一些原则、制度和规定，在斗争实践中逐步形成和确立。

随着革命的深入和战争的发展，红四军党内对组织发动群众、创建革命根据地、党的领导原则、政治工作的作用和地位等一些原则问题，产生了不同认识，发生了争论。当时，红军长期处于分散的农村游击战争的环境，主要成分是农民和其他小资产阶级，各种非无产阶级思想主要是小资产阶级思想，经常大量反映到红军队伍中来。红军的官兵有相当一部分来自旧军队，有的不惜抛弃高官厚禄。他们在革命斗争中忠诚于党，忠诚于人民，作战英勇顽强，堪称模范，但也不自觉地带有旧军人的种种观念。在军队中实行民主制度时，产生了极端民主化的倾向。部分官兵不习惯做创建革命根据地的艰苦工作，不习惯党对军事工作的领导原则和民主集中制原则，不习惯政治工作地位的提高。一些人认为毛泽东强调党对红军的领导，实行集权制，是搞家长制；认为政治部妨碍了司令部的工作，是“卖狗皮膏药”的；认为军事高于一切，提出“司令部对外”的口号，表现出严重的单纯军事观点；不赞成红军宣传和组织群众，创建革命根据地，热衷于攻打城市，主张“走州过府”，四处游击。1929年6月下旬，红四军前委在龙岩城召开红四军党的第七次代表大会，以求解决争论的问题。但由于缺乏正确的政治观念，会议不仅没有达到预期的目的，反而造成不良的后果。会议否定了毛泽东提出的关于创建革命根据地的一系列正确意见，错误地认为毛泽东对这次争论负有“较大的责任”；会议没有选举毛泽东为前委书记，毛泽东被迫离开红军从事地方工作。此后，又召开红四军党的第八次代表大会，但仍未解决问题。

1929年8月下旬，红四军新任前委书记陈毅赴上海向中央汇报红四军的工作。29日，中央政治局专门召开会议，听取了陈毅关于红四军情况的详细汇报，深入研究讨论红四军的问题。在此基础上，形成了由陈毅起草、周恩来审定的《中共中央给红四军前委的指示信》，即著名的“九月来信”，肯定了红四军建立以来所取得的成绩和经验，明确指出毛泽东“应仍为前委书记”。10月下旬，陈毅返回红四军，向前委传达中央的指示，并邀请毛泽东回红四军工作。12月下旬，红四军在福建上杭县古田镇召开党的第九次代表大会。会上，陈毅传达中央“九月来信”精神，毛泽东作政治报告，朱德作军事报告。会议根据中央的指示精神，总结红军诞生以来的建设经验，纠正红四军党内存在的各种错误思想。会议选举毛泽东、朱德、陈毅、罗荣桓、谭震林等11人为中共红四军前委委员，毛泽东为书记；通过了毛泽东主持起草的《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》，即著名的古田会议决议。古田会议的召开，是红军建设实践发展的结果，是解决在以农民和其他小资产阶级为主要成分的军队中，如何建设党领导下的新型人民军队这样一个根本性问题的历史要求。