虽然11世纪以来十字军多次东征影响了东西方交往的历史，但是似乎就其影响来说，还远不能将其视为欧洲对穆斯林世界的征服。之后奥斯曼土耳其崛起，穆斯林给欧洲带来了第二次大规模的冲击。自1299年立国之后，土耳其人就致力于对巴尔干半岛的征服。到了15世纪中期，土耳其人已经夺取了有着千年历史的拜占庭帝国的大部分土地，将其首都君士坦丁堡“像珠蚌吸裹住沙粒一样”团团围住。1453年，鏖战53天之后，土耳其人夺取了君士坦丁堡，虽然这座城市在征服者苏丹穆罕默德二世眼中只剩荒芜草木，过半宅邸已腐败坍塌，但是作为基督教世界在东方的前哨，君士坦丁堡的陷落给欧洲带来更大的震撼。土耳其人将这里更名为“伊斯坦布尔”，并定为国都，之后向欧洲征服的步伐并没有停止，他们不断向西、向北进军，并数次兵临维也纳。在统治的鼎盛时期，地中海与东方世界的商路为土耳其人所垄断，地中海几成土耳其之内湖，往来于这内湖上的欧洲商船靠向土耳其人交纳保护费获得保护。奥斯曼帝国对西欧及亚洲间贸易的垄断，更被认为是西班牙女王支持哥伦布寻找亚洲海路的主要原因。

但是，前事之果却往往会成为后事之因。在大航海和新航路开辟后，人类历史逐步迈入西方列强对外征服的时代，曾经的征服者似乎在旦夕间就成为坐拥金银财宝、等待被征服的对象。地理上的便利让先行发展起来的欧洲国家把西亚、北非的众多地区变成自己的殖民地、半殖民地或是势力范围。以奥斯曼帝国、波斯萨法维和印度莫卧儿为中心的伊斯兰世界体系，在西欧主权领土国家体系向外扩张过程中遭遇挫败。

20世纪前期，在原来奥斯曼土耳其的遗产之上，西亚北非地区建立了多个现代国家。由于欧洲——特别是西欧国家——自近代以来成为民族国家建设的典范，在世界范围内产生了很强的示范效应。这些穆斯林国家在建国和独立过程中，不同程度地效仿了西欧现代民族国家的范例。这也使得这些国家与欧洲各国之间具有一种矛盾而特殊的亲近关系。

二战之后，欧洲与穆斯林世界的互动主要体现为更大规模的人口迁移，欧洲各国从二战后开始了鼓励和接纳移民的过程。这一方面是为了解决本国内人口老龄化和劳动力资源不足带来的问题，另一方面也是出于当时冷战国际秩序下的国际义务的考虑。欧洲由历史上的人口输出国变成人口输入国。欧洲各国移民人口的比例快速上升，除了欧盟区内自由迁移的人口流动之外，欧洲各国的前殖民地成为移民的主要来源，其中相当比例的人口来自于西亚北非地区的穆斯林国家。例如，根据德国联邦统计局2016年的数据，当年德国国内的外国人群体中人数最多的是土耳其人，当年的数字是168万人。而英国、法国等地的移民当中，也出现了类似的现象。虽然20世纪70年代中期的石油危机促使西方关闭了引进外籍劳工的大门，但是穆斯林移民已经成为欧洲最大的移民团体。