元代帝王在蕃人云集的泉州港多次御祭天妃，其影响之大是可以想见的。

　　进入明代，泉州港仍然是全国的一个重要港口。洪武三年（1370年），泉州复设市舶司，专通琉球。此后，又“以诸番贡使益多”，在天妃宫附近的车桥村设置“来远驿”，专门接待琉球等国的外宾。为了帮助琉球开发经济文化，洪武二十二年（1392年），明太祖“敕赐闽人三十六姓”定居琉球。这三十六姓中，泉州人占了相当一部分，如南安的蔡氏，晋江的李氏、翁氏等，他们在琉球担任通事（翻译），传授操舟技术和文化知识。当时明政府规定，凡是封舟必须安放天妃神像，开洋前正副使必须先到出口发港的天妃宫祭拜。封舟到达目的地，正副使必须恭奉船内的妈祖神龛上岸，安放于所在国的天妃宫，借以朝夕膜拜。当时，福建开洋至琉球，必经沧水，过黑水，古称“沧溟”，又称“东溟”，是一条深达两千多米的大海沟，波涛汹涌，航海者经常在此遇难。这样，妈祖就被“闽人三十六姓”恭奉于船中，伴随他们从泉州出发，披波斩浪，顺利到达琉球。“闽人三十六姓”来到琉球后，分别在琉球首府那霸和他们聚居的久米村建起了上、下两座天妃宫，宫成之后，琉球当地地方官也作了规定：“自贡船开船之日起至第七日，上至大夫下至年轻秀才，都必须参拜两天妃宫”，“自第七日至贡船回归本国为止，每日大夫以下的年轻秀士与乡官士们都要轮流诣庙参拜。”由此，随着中琉两国交流的不断密切，天妃信仰在琉球逐渐深入人心。

　　永乐五年（1407年），三保太监郑和第二次出使西洋时途经泉州，遣使祭拜妈祖，因天妃宫“历岁既久，寝以倾颓”，五年特奏请“令福建守镇宫重新其庙。”永乐十三年（1415年），郑和部属“少监张谦使渤泥（今北加里曼丹岛）得乎州，发自浯江(泉州)，实仗神庥，归奏于朝，鼎新之。”永乐十五年（1417年），郑和第五次下西洋再次途经泉州，在依制祭拜妈祖之后，又去灵山伊斯兰圣墓行香，祈求祖先灵圣庇佑。郑和行香所立碑石至今尚在，文曰：“钦差总兵太监郑和前往西洋忽鲁谟斯公干。永乐十五年五月十六日于此行香望灵圣庇佑护。镇抚蒲和日记立。”嘉靖十九年（1540年）郡人徐毓集资大修，先修正殿五间，重建寝殿七间，凉亭四座，两厢三十间，东西轩及斋馆二十八楹。二十三年（1544年）落成。

　　清代，靖海侯施琅奉旨东征台湾，统一祖国。他分兵三路出击，其中一路在泉州十五都围头，《泉州府志》载：“国朝将军施琅征海师次于此，神有助顺功。”平定台湾后，施琅感念涌潮济师之神恩，在自己的同乡、福建水师提督万正色题请未准，再次上书康熙帝请封，历数妈祖助顺神迹。康熙二十三年（1684年）八月十四日，“以将军侯福建水师提督施琅奏，特封天后”，钦差礼部郎中雅虎等，赍御书香帛到泉州庙及湄洲祖庙致祭。自此，泉州天妃宫改称天后宫。施琅将军为报答神恩，对天后宫进行重修和扩建。嘉庆二十一年（1916年）署泉州府事徐汝澜以栋宇漶漫，非复旧观，倡捐再次重修。道光年间（1830—1850年）清文宗加封妈祖为“天上圣母”，泉州天后宫又进行了大规模的修建。