据悉，泉州著名的考古学家吴文良先生在生前花数十年搜集了不少泉州地面上的外国人宗教石刻，特别是伊斯兰教石刻。这些石刻后来经过翻译，表明在宋元时代，泉州确有多座清真寺，但除了现存通淮清净寺外，其他的多座清真寺都毁于元末明初的战乱之中，仅仅留下刻有古阿拉伯文字的不同修寺碑记、门楣石等。

　　记者了解到，以前还曾有专家学者以大篇幅文字推论每座寺的创建年代和具体位置，并绘制分布简图，但这些具体分布位置目前还有争议，尚有待学界研究确证。

　　明成祖保护伊斯兰

　　清净寺北墙上，镶嵌一方极为珍贵的明代永乐五年（公元1407年），明成祖朱棣颁发的保护泉州伊斯兰教与穆斯林的《敕谕》（圣旨）碑刻。

　　碑石高１００厘米，长１６０厘米，四周边框绕刻浮雕龙饰，上框正中有一张牙舞爪的蟠龙，左右篆刻“敕”“谕”，两条奔龙从左右向这两字飞舞。下框还有双龙戏珠。

　　原来，明永乐三年，郑和首次下西洋，他了解到泉州伊斯兰教受到打击而衰落，向明成祖奏明情况，请求颁降圣谕加以保护。明成祖谕令“所在官员军民一应人等，毋得慢侮欺凌，敢有故违朕命，慢侮欺凌者，以罪罪之”。