不同记载

　　清净寺里有多方重要石碑。吴鉴撰的中文碑记显示：“宋绍兴元年(1131年)，有穆兹喜鲁丁者，自撒那威从商舶来泉，创此寺于泉州之南城。”《泉州府志》亦曰：“清净寺，在府治通淮街北，宋绍兴元年回人穆兹喜鲁丁自撒那威来建。”

　　清净寺门楼北墙上有一阿拉伯文碑刻，译文记载：此地人们的第一座礼拜寺，它被称为最古老悠久的寺，名为艾苏哈卜寺（译名圣友寺）。它创建于伊斯兰教历400年（公元１００９年）……

　　中文碑与阿拉伯文碑各记各的，并不吻合，建寺年代有了两种说法，究竟是指修建时间不同的同一座寺，还是指不同的两座寺，历来颇有争议。

　　此外，南宋朱熹在傅自得逝世后所书的《行状》（《朱文公文集·卷98》）中提到，绍兴二十一年（1151年），发生过一起涉及清净寺的事件。赵令衿来泉州当地方长官，当时傅自得任泉州通判。有外国商贾建层楼（清净寺）在泉州府文庙的前面，地方上认为清净寺建于城内府学之前，既破坏了“八卦巽位”，又破坏了“泉庙学受盛山川”，于是群起而告官。傅自得受理时判决：贾胡蕃商是“化外人，法不当城居”，并“立戎兵官，即日撤去”，清净寺由郡旧罗城内迁出建于城外濠。这样，既不破坏“庠校科第人文”，又使清净寺“峙文庙青龙之左角”，为府学增胜。曾有专家发表意见认为，其迁出重建的方位，和现在涂门街清净寺的地理位置对比，可以吻合。

　　不少学者认为，清净寺的建寺年代被认为应该以门楼上的阿拉伯文碑记载为准，即１００９年。不过，史学界专家吴幼雄曾专门请人翻译，认为其中有一句应这样说“那是在伊历４００年”，而不应译成“建于伊历４００年”，认为原阿拉伯文中没有含“建”这个意思。

　　泉州曾有多座清真寺

　　黄秋润会长说，历史上，泉州有不少清真寺，如今只剩涂门街这一座清净寺。千百年来，这里一直是泉州伊斯兰教的活动中心。

　　吴鉴所撰碑文中，就记述了元时泉州增建了六七座清真寺。泉州市文史界的吴幼雄、李玉昆等多位专家都认为，这一数据是可信的。