这是一座高40米左右、具有古伊斯兰教风格的七级石构宣礼塔，位于清净寺内礼拜大殿正东。古时，穆斯林宣礼员曾登上塔尖，一呼百应，夜间塔顶举火，为商舶导航，方圆百里，一目了然，每届秋冬，满载丝、瓷、茶的商船扬帆离去，或值春秋，装运香料、药材的船舶驶来泉州港，阿拉伯穆斯林齐聚寺内、沐浴更衣，登塔眺望，诵读《古兰经》，祈求万能的安拉赐福穆斯林船队一路平安。

　　宣礼塔后来毁于明代的一次地震中。据记载，明隆庆元年，当时的泉州知府曾重建五层木塔，到清康熙二十六年，木塔毁于飓风中。

　　古礼拜大殿原先有圆顶？

　　如今的清净寺奉天坛遗址，还保存着中世纪时代伊斯兰教寺的建筑形式。柱石残础，绿草茵茵，四周墙壁上和西墙中段凹形的壁龛上，有古朴阿拉伯文字浮雕的《古兰经》经文。

　　大殿的四周，为花岗岩石条砌叠，近千年来依然十分坚固，巨大的窗户遍布各墙，增加殿内采光效果。

　　据了解，临涂门街的南墙全长２３米，而透过八个长方形高大的窗，街上人们可望见里面。明万历碑记称，奉天坛立的巨大花岗石圆柱一十有二，象征着农历１２个月。

　　清净寺礼拜大殿有没有圆顶，一直是个争议的焦点话题。据说奉天坛原来罩有巨大圆顶，１６０７年泉州大地震时，宣礼塔塌毁，圆顶也跟着坍塌，殿内的设施和圆顶遗物深深地埋在大殿地下，致使大殿现有的地面增高了一米多。

　　泉州市文物保护研究中心负责人陈鹏鹏表示，过去的考古试掘曾认为，明清时，这古礼拜大殿可能拥有中国式的屋顶，宋元时未知。上个世纪８０年代，泉州邀请省博物院来指导发掘，发现这地底下有宋元时代的地面砖等。陈鹏鹏认为，宋元时奉天坛有圆顶之说。“这可以从如今还保留下来的石柱子判断出。”

　　黄秋润介绍说，明代李光缙撰文描述奉天坛“中圈象太极”，即证明大殿顶覆盖有巨大拱形圆顶；并曾在《募缘疏》写道“门以南为向，堂以西为尊。叠叠重重，规制异人间之庙宇；昂昂哙哙，■革仿天上之楼台”。